Préambule

Le contenu de ce rapport n’est en aucun cas officiel et est avant tout à destination pédagogique. De plus, nos calculs sont souvent réalisés avec des hypothèses volontairement très simplificatrices. Ainsi, les moyennes nationales ne reflètent pas des situations locales.

En matière de santé publique et pour toute question, nous recommandons de consulter et suivre les instructions officielles disponibles sur https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus

L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) dispose aussi d’un site très complet https://www.who.int/fr/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019

Contexte

Les délais temporels représentent un défi majeur en santé public. En effet, il faut en général plusieurs jours, voire semaines, avant de pouvoir détecter les effets d’une intervention telle que le confinement dans les courbes d’incidence.

Intuitivement, on se tourne le plus souvent vers le nombre de nouveaux cas détectés chaque jour pour voir les effets des interventions. Comme nous le notions dans notre Rapport 1, les délais avant d’observer un effet dans les données est de plusieurs jours puisqu’il faut compter en moyenne 5 jours avant l’apparition des symptômes, temps auquel il faut rajouter celui avant la réalisation d’un test de dépistage et enfin le délai de notification. Dans le cas de la France, un autre problème que nous mentionnons est lié aux variations des intensités de dépistage. Clairement, le gouvernement a augmenté le nombre de dépistages, ce qui se traduit mécaniquement par une augmentation du nombre de cas détectés. Au final, les données d’incidence de nouveaux cas détectés en France sont à peu près inexploitables sur le long terme.

Pour résoudre ce problème, nous avons considéré l’incidence journalière des nouvelles hospitalisations ainsi que celle des nouveaux décès. Toutes deux proviennent de Santé Publique France.

Pour les hospitalisations, les données ne sont malheureusement disponibles que depuis le 24 janv. 2020. Toutefois, leur qualité est bien plus élevée que celles des données de nouveaux cas dépistés. De plus, le délai entre une mesure de contrôle (fermeture des écoles, confinement,…) et sa manifestation au niveau des nouvelles hospitalisation est d’environ 2 semaines (on estime à 5 jours le temps d’apparition des symptômes et à 8 jours le temps entre l’apparition des symptômes et l’hospitalisation pour les cas sévères). Les données sont représentées sur le graphique suivant.

En ce qui concerne les décès, les données sont disponibles depuis le début de l’épidémie. Leur qualité est potentiellement plus élevée que celles des données de nouveaux cas, mais peut-être moindre que celle des données d’hospitalisation car tous les décès attribuables au COVID-19 ne sont pas forcément recensées. De plus les décès dans les EHPAD n’étaient initialement pas signalés. Le délai entre une intervention et sa manifestation au niveau des décès est évidemment plus long et est de l’ordre de 3 à 5 semaines. Les données sont représentées sur le graphique suivant.

Notez que les données de Santé Publique France ne signalent pas directement le nombre de nouvelles hospitalisation. Nous avons obtenu ce nombre ajoutant le nombre de nouvelles hospitalisations entre une date \(t\) et une date \(t-1\), le nombre de décès à l’hôpital entre \(t-1\) et \(t\) et le nombre de nouvelles guérisons à l’hôpital entre \(t-1\) et \(t\) à partir des données de Santé Publique France. Il est possible que ces chiffres ne correspondent pas exactement au nombre de nouvelles hospitalisations. D’ailleurs, notre incidence cumulée est de 48759 hospitalisations et le nombre de Santé Publique France est au 7 avril était 54036, ce qui illustre les limites de nos résultats.

Enfin, les données d’incidence de patient⋅e⋅s en réanimation seraient a priori plus fiables que celle d’hospitalisation mais il est pour le moment impossible d’avoir accès à leur incidence (on sait juste le nombre de personnes actuellement en réanimation).

Méthode

Nous avons utilisé les méthodes décrites dans notre Rapport 1 pour estimer le nombre de reproduction temporel (ou effic