Propos liminaires

Ce texte présente de manière simplifiée (et en français) des résultats publiés en anglais dans la revue Eurosurveillance. Les résultats présentés ci-dessous ont été réalisés avant la publication du manuscrit et peuvent différer un peu suite aux éditions lors du processus de revue. En cas de divergence éventuelle, la version publiée est la plus exacte.

Comme tous les autres rapports de l’équipe ETE depuis mars 2020, il est en accès libre sur le site https://covid-ete.ouvaton.org/.

Ce travail a pu être réalisé grâce à la collaboration avec la Société Française de Microbiologie (SFM) et aux laboratoires de virologie participants.

À propos des Ct

Les tests RT-PCR sont un des moyens de base de lutte contre les épidémies de maladies infectieuses. Ils consistent à détecter des microbes en amplifiant des motifs particulier de séquences génétiques présents dans leurs génomes.

En simplifiant, l’ADN extrait de l’échantillon (le prélèvement naso-pharyngé) est mélangé avec des sondes nucléiques ou “amorces” – correspondant au motif génétique spécifique à votre virus –, des nucléotiques fluorescents et une enzyme (la polymérase). Au cours d’un cycle de réaction PCR (réaction de polymérisation en chaîne), l’ADN s’ouvre (on parle de dénaturation) et donne 2 brins complémentaire. Si un des 2 brins d’ADN contient la séquence reconnue par l’amorce, celle-ci s’y lie. Puis la polymérase vient elle aussi se fixer et fabriquer un nouveau brin d’ADN complémentaire. Un nouveau cycle peut alors commencer. Toutefois, on a maintenant le double de copies de notre cible (le brin d’ADN initial et son brin synthétisé). Bref, si on avait \(X\) copies de notre cible, on en a \(2X\) (en réalité moins car il y a des pertes évidemment). Et à la fin du second cycle, cela passe à \(4X\) (en théorie). Au fur et à mesure que le nombre de copies de la cible augmente, la fluoresc