Recherche en danger : Ce site et ces travaux ont été rendus possibles par la liberté de recherche que les postes permanents et les crédits récurrents garantissent. Tout ceci est remis en cause par la loi LPPR que le gouvernement veut imposer au mépris des actrices et des acteurs de la recherche publique. Pour plus d’informations, voir par exemple l’analyse du Groupe Jean-Pierre Vernant, la note budgétaire de Rogue ESR ou le rapport officiel du CESE.


L’équipe

Présentation

Notre équipe regroupe des chercheurs, enseignants-chercheurs, doctorant⋅es, étudiants, ingénieurs, titulaires ou précaires, qui travaillent à la modélisation de l’évolution des micro-organismes responsables de maladies infectieuses.

Notre expertise, tant au niveau de la biologie que des outils mathématiques\(^{*}\), statistiques et computationnels, nous permet d’étudier les aspects populationnels de la pandémie de COVID-19, ce que nous faisons depuis le 12 mars 2020.

Ce site rassemble nos travaux sur le sujet. Nous avons rédigé un rapport qui résume nos travaux de modélisation et des notes plus pédagogiques.

Titulaires

Précaires

  • Thomas Bénéteau, doctorant financé par la Ligue contre le Cancer

  • Corentin Boennec, ingénieur de recherche financé par la région Occitanie et l’ANR autour du projet PhyEpi et maintenant doctorant à Toulouse.

  • Gonché Danesh, doctorante financée par la Fondation pour la Recherche Médicale et maintenant ingénieure de recherche

  • Baptiste Elie, doctorant financé par l’ENS Paris-Saclay

  • Bastien Reyné, doctorant financé par l’Université de Montpellier

  • Quentin Richard, ex-post-doctorant CNRS en modélisation mathématique et maintenant ATER

ETE : Évolution Théorique et Expérimentale

L’écologie et l’évolution des interactions hôtes - parasites\(^{**}\) sont indissociables et nous les étudions en combinant la démarche empirique à la modélisation.

Les questions principales auxquelles nous tentons de répondre concernent l’évolution des traits parasitaires, ceux de leurs hôtes et de leurs traits partagés (virulence, résistance, tolérance). Nos approches expérimentales vont de l’identification des effets phénotypiques de mutations ponctuelles jusqu’à la caractérisation d’effets de traits polygéniques et plastiques. Nos recherchent théoriques reposent sur l’étude de modèles mathématiques, statistiques ou computationnels, génériques ou appliqués.

L’équipe effectue aussi des analyses de données cliniques et épidémiologiques provenant de maladies infectieuses humaines telles celles causées par les virus de l’immunodéficience humaine (VIH), de la dengue, de l’hépatite C (VHC) et les papillomavirus humains (HPV). Nous nous intéressons en particulier aux phylogénies provenant de données de séquence virales.

Enfin, l’équipe développe des modèles conceptuels afin d’étudier la dynamique épidémiologique et l’évolution des parasites, en particulier de leur virulence. Ces modèles se fondent le plus souvent sur des systèmes dynamiques décrivant l’épidémiologie ou la dynamique intra-hôte des parasites.



\(^*\): Il est intéressant de noter que l’épidémiologie des maladies infectieuses, la dynamique des populations (humaines comme non humaines) et la biologie évolutive partagent toutes les trois une même pierre angulaire méthodologique, à savoir l’analyse d’invasion, dont le désormais célèbre nombre de reproduction de base, \(\mathcal{R}_0\), est l’ambassadeur. Pour une perspective récente sur la généralité de cette analyse et les points communs entre la théorie de ces trois champs, voir par exemple Hurford et al. 2009 (Journal of the Royal Society Interface).
\(^{**}\): Au sens large, c’est-à-dire toute entité biologique qui vit et se reproduit aux dépens d’une autre (l’hôte). Ce terme regroupe donc des virus, des bactéries, des eucaryotes unicellulaires pathogènes, des helminthes.

Rapports

Ces rapports sont avant tout académiques. Ils ne sauraient remplacer des instructions nationales et internationtales. En particulier, les hypothèses faites sont souvent volontairement simplificatrices pour plus de clarté.

Notes

Ces notes sont avant tout à destination pédagogiques. Elles ne sauraient remplacer des instructions nationales et internationtales. En particulier, les résultats présentés peuvent changer rapidement en fonction des données disponibles.

Logiciels

Ces logiciels sont avant tout académiques. Ils ne sauraient remplacer des instructions nationales et internationales. En particulier, les hypothèses faites sont souvent volontairement simplificatrices.

Merci à l’Institut Français de Bioinformatique et au serveur de bioinfo de l’IRD pour l’hébergement !

Publications

Travaux scientifiques (en anglais)

Articles publiés

  • Samuel Alizon, Mircea T. Sofonea (2021, Journal of Evolutionary Biology). SARS-CoV-2 virulence evolution: avirulence theory, immunity, and trade-offs [PDF]

  • Olivier Thomine, Samuel Alizon, Marc Barthelemy, Corentin Boenec, Mircea T. Sofonea (2021, eLife). Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics. [PDF]

  • Samuel Alizon, Christian Selinger, Mircea T Sofonea, Haim-Boukobza S, Giannoli J-M, Ninove L, Pillet S, Vincent T, Rougemont A de, Tumiotto C, Solis M, Stephan R, Bressollette-Bodin C, Salmona M, L’Honneur A-S, Behillil S, Lefeuvre C, Dina J, Hantz S, Hartard C, Veyer D, Delagreverie HM, Fourati S, Visseaux B, Henquell C, Lina B, Foulougne V, Burrel S. (2021, Eurosurveillance) Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR cycle amplification values [PDF]

  • Bénédicte Roquebert, Stéphanie Haim-Boukobza, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Sonia Burrel, Samuel Alizon, Mircea T Sofonea (2021, International Journal of Infectious Diseases) SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France [PDF]

  • Yannis Michalakis, Mircea T. Sofonea, Samuel Alizon, Ignacio G Bravo (2021, Trends in Microbiology) SARS-CoV-2 viral RNA levels are not “viral load”. [PDF]

  • Mircea T.Sofonea, Samuel Alizon (2021, Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine) Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France.

  • Christian Selinger, Marc Choisy, Samuel Alizon (2021, International Journal of Infectious Diseases) Predicting COVID-19 incidence in French hospitals using human contact network analytics. [PDF]

  • Samuel Alizon, Stephanie Haim-Boukobza, Vincent Foulongne, Laura Verdurme, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanue Lecorche, Benedicte Roquebert, Mircea T. Sofonea (2021, Eurosurveillance) Rapid spread of the SARS-CoV-2 δ variant in some French regions in June 2021. [PDF]

  • Thomas Bénéteau, Baptiste Elie, Mircea T. Sofonea, Samuel Alizon (2021, PCI Mathematical & Computational Biology) Estimating dates of origin and end of COVID-19 epidemics [PDF]

  • Bénédicte Roquebert, Sabine Trombert-Paolantoni, Stéphanie Haim-Boukobza, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Mircea T Sofonea, Samuel Alizon (2021, Eurosurveillance) The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021 [PDF]

  • Mircea T.Sofonea, Corentin Boennec, Yannis Michalakis, Samuel Alizon (2021, Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine) Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France [PDF]

  • Bastien Reyné, Christian Selinger, Mircea T Sofonea, Stéphanie Miot, Amandine Pisoni, Edouard Tuaillon, Jean Bousquet, Hubert Blain, Samuel Alizon (2021, International Journal of Epidemiology) Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities [PDF]

  • Mircea T. Sofonea, Bastien Reyné, Baptiste Elie, Ramsès Djidjou-Demasse, Christian Selinger, Yannis Michalakis, Samuel Alizon (2021, Epidemics) Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics [PDF]

  • Stéphanie Haim-Boukobza, Bénédicte Roquebert, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Christian Selinger, Yannis Michalakis, Mircea T Sofonea, Samuel Alizon (2021, Emerging Infectious Diseases) Detecting rapid spread of SARS-CoV-2 variants, France, January 26–February 16, 2021 [PDF]

  • Quentin Richard, Samuel Alizon, Marc Choisy, Mircea T. Sofonea, Ramsès Djidjou-Demasse (2021, PLoS Computational Biology) Age-structured non-pharmaceutical interventions for optimal control of COVID-19 epidemic [PDF]

  • Samuel Alizon (2021, Science) Superspreading genomes [PDF].

  • Gonché Danesh, Baptiste Elie, Yannis Michalakis, Mircea T. Sofonea, Antonin Bal, Sylvie Behillil, Grégory Destras, David Boutolleau, Sonia Burrel, Anne-Geneviève Marcelin, Jean-Christophe Plantier, Vincent Thibault, Etienne Simon-Loriere, Sylvie van der Werf, Bruno Lina, Laurence Josset, Vincent Enouf, Samuel Alizon (2020, medRxiv) Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemics in France [PDF], version 3 évaluée et recommandée par Peer Community in Evolutionary Biology.

Manuscrits en cours d’évaluation

  • [preprint] Mircea T Sofonea, Corentin Boennec, Anne Fontalirant, Marjolaine Regnat, Jean-Yves Lefrant, Samuel Alizon, Marc-Olivier Fischer (2021, OSF preprints) Quantifying the real-life impacts of vaccination on critical COVID-19. [PDF]

  • [preprint] Corentin Boennec, Samuel Alizon, Mircea T. Sofonea (2021, medRxiv) Anticipating the hospital burden of future COVID-19 epidemic waves. [PDF]

  • [preprint] Baptiste Elie, Emmanuel Lecorche, Mircea T Sofonea, Sabine Trombert-Paolantoni, Laura Verdurme, Jérémie Guedj, Vincent Foulongne, Stéphanie Haim-Boukobza, Bénédicte Roquebert, Samuel Alizon (2021, medRxiv) SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France. [PDF]

  • [preprint] Bastien Reyné, Gonché Danesh, Samuel Alizon, Mircea T. Sofonea (2020, medRxiv) Rt2: computing and visualising COVID-19 epidemics temporal reproduction number [PDF]

  • [preprint] Ramsès Djidjou-Demasse, Yannis Michalakis, Marc Choisy, Mircea T. Sofonea, Samuel Alizon (2020, medRxiv) Optimal COVID-19 epidemic control until vaccine deployment [PDF]

Diffusion des savoirs

Articles

  • Samuel Alizon, Mircea Sofonea (The Confversation) Pourquoi il y a peu de chances pour que le coronavirus SARS-CoV-2 perde sa virulence

  • Samuel Alizon, Mircea Sofonea (Le Figaro) Les hôpitaux français peuvent-ils faire face à une nouvelle vague épidémique de SARS-CoV-2 ?

  • Tribune collective (2020, Le Monde) « Admettre l’ampleur de l’épidémie de Covid-19 pour poser la question démocratique »

  • Ramsès Djidjou-Demasse, Christian Selinger, Mircea Sofonea (2020, Revue Francophone des Laboratoires, n°526) Épidémiologie mathématique et modélisation de la pandémie de Covid-19 : enjeux et diversité [PDF]

  • Baptiste Elie, Samuel Alizon (2020, Revue Francophone des Laboratoires, n°526) Analyses génomiques et phylodynamiques du SARS-Cov-2 [PDF]

  • Samuel Alizon (2020, La Recherche) Les hasards variables des émergences virales

Rapports

  • Samuel Alizon. Temps de doublement des épidémies de COVID-19. [Rapport ETE 13] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020.

  • Samuel Alizon, Yannis Michalakis, Mircea Sofonea. Évolution de la virulence et COVID-19. [Rapport ETE 12] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02950712⟩ [bibtex]

  • Yannis Michalakis, Mircea Sofonea, Samuel Alizon. Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France pourraient-ils être expliqués par des comorbidités ?. [Rapport ETE 10] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02950676⟩ [bibtex]

  • Samuel Alizon, Mircea Sofonea. Analyse de l’épidémie de COVID-19 en France et scénarios de contrôle. [Rapport ETE 9] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02950665⟩ [bibtex]

  • Thomas Bénéteau, Baptiste Elie, Samuel Alizon, Mircea Sofonea. Stochasticité et épidémie de COVID-19. [Rapport ETE 8] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02950660⟩ [bibtex]

  • Samuel Alizon, Mircea Sofonea, Yannis Michalakis. Modéliser l’épidémie de COVID-19 (résumé). [Rapport ETE 7] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02950651⟩ [bibtex]

  • Gonché Danesh, Baptiste Elie, Samuel Alizon. Phylodynamique du COVID-19 en France : variations temporelles de la croissance épidémique. [Rapport ETE 6] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02882698⟩ [bibtex]

  • Samuel Alizon, Bastien Reyné, Mircea Sofonea. Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction. [Rapport ETE 5] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02882697⟩ [bibtex]

  • Gonché Danesh, Baptiste Elie, Samuel Alizon. Phylodynamique du COVID-19 en France. [Rapport ETE 4] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02882688⟩ [bibtex]

  • Samuel Alizon, Bastien Reyné, Christian Selinger. Modélisation de l’épidémie de COVID-19 : modèle SEAIR. [Rapport ETE 3] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02882687⟩ [bibtex]

  • Mircea Sofonea, Samuel Alizon. Immunité de groupe et contrôle de l’épidémie de COVID-19. [Rapport ETE 2] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02882682⟩ [bibtex]

  • Gonché Danesh, Samuel Alizon. Estimation du nombre de reproduction de l’épidémie de COVID-19 en France. [Rapport ETE 1] CNRS, IRD, Université de Montpellier, 2020. ⟨hal-02882680⟩ [bibtex]

Podcasts et vidéos

  • COVID-19 : prévoir l’imprévisible (Cœur des sciences, le 9 septembre 2021)

  • Samuel Alizon, covid, variants, alphabet grec: quoi de neuf docteur? (Baleine sous Gravillons, le 4 septembre 2021)

  • Covid-19: près de 50.000 morts évités grâce à la vaccination, selon une étude (BFMTV, le 30 août 2021)

  • COVID-19 : un retour à la normale seulement en 2022 ou 2023 ? (BFMTV, le 23 juillet 2021)

  • Interview de Mircea Sofonea (RTL midi, le 19 juillet 2021)

  • Covid-19: pourquoi une 4ème vague pourrait-elle favoriser le développement d’un nouveau variant ? (BFMTV, le 5 juillet 2021)

  • Après le Delta, le Delta Plus : la menace d’une nouvelle vague ? (France Culture, le 30 juin 2021)

  • 9 questions simples sur le variant Delta (Brut.fr, le 29 juin 2021)

  • Covid-19 : quelle menace représente le variant Delta ? (France 3, le 27 juin 2021)

  • 12-18 ans: vaccination possible dès le 15 juin (BFMTV, le 2 juin 2021)

  • Covid-19 : une semaine placée sous haute surveillance (franceinfo TV, le 1 juin 2021)

  • Covid-19 : qu’a-t-on appris de la pandémie ? (Le CNRS et Le Monde, le 17 mai 2021)

  • Se débarrasser du Covid-19 ? Vivre avec ? Et si oui, pour combien de temps ? Les trois scénarios pour la fin de la pandémie (Le Monde, le 16 mai 2021)

  • Covid-19 : la vaccination à l’échelle de la planète, l’arme fatale contre le virus et ses variants (france infos, le 9 avril 2021)

  • Flambée épidémique (BFMTV, le 30 mars 2021)

  • Mesures de freinage: “On saura dans une semaine si ça a marché” (BFMTV, le 27 mars 2021)

  • Covid-19 : l’épidémiologiste Mircea Sofonea plaide pour une “vaccination de masse” au niveau européen (franceinfo, le 26 mars 2021)

  • Nouvelles mesures de restriction : confinement d’un mois pour Paris et 15 départements (France 24, le 18 mars 2021)

  • Interview de Mircea Sofonea et Samuel Alizon (Divergences FM, La science s’amune, le 3 mars 2021)

  • Variants, vaccination, mesures de restriction : l’équation aux multiples inconnues (France Culture, L’invité des matins, le 25 février 2021)

  • La tendance n’est pas bonne en France (BFM TV, le 20 février 2021)

  • Covid: La crainte de l’effet « pique-nique » (BFM TV, V.S.D., le 19 février 2021)

  • Evolution : maladies infectieuses, virus et mutations (La Terre au Carré, France Inter, le 27 janvier 2021)

  • Covid-19: “Il faut coordonner les efforts à l’échelle mondiale”, selon Mircea Sofonea (RCF, le 26 janvier 2021)

  • Covid: La traque des variants (BFM-TV, le 22 janvier 2021)

  • Mircea Sofonea (Europe 1, le 15 janvier 2021) Europe midi

  • Modélisation de l’épidémie de SARS-CoV-2 (Séminaire de ISYEB, le 17 novembre 2020)

  • Covid : “On cède à la pression de l’immédiateté en ayant envie de savoir où en est l’épidémie tous les jours” (France Inter, le 11 novembre 2020)

  • Intervention de Samuel Alizon (LSD, France Culture, le 11 novembre 2020) dans l’épisode 3 de “La grande aventure de la science” autour de “Sciences et droit à l’erreur”

  • Covid-19 : pourra-t-on vraiment, en un mois, diviser par dix le nombre de nouveaux cas quotidiens ? (France Inter, 2 novembre 2020)

  • Covid-19 : 7 questions très simples sur la 2e vague (Brut, 30 octobre 2020)

  • Le couvre-feu est-il efficace ? (France Culture, 28 octobre 2020)

  • CoVid-19 : quelles sont les données dont le gouvernement dispose pour prendre ses décisions ? (France Culture, 7 octobre 2020)

  • Le premier cas de réinfection au Covid-19 : peut-on tirer des conclusions ? (France Culture, La Méthode Scientifique, 25 août 2020)

  • Covid-19: en Bretagne, le taux de reproduction du virus dépasse les 2,6 (RFI, Invité France, 17 juillet 2020)

  • Covid-19 : pourquoi l’épidémie nous surprend-elle encore ? (France Culture, Le temps du débat, 8 juillet 2020)

  • Les modèles peuvent-ils nous prémunir de l’insoutenable ? (Séminaire de France Stratégie, 4 juin 2020)

  • Evolution de la pandémie deux semaines après le déconfinement (France Culture, L’invité des matins, 26 mai 2020)

  • Phylodynamie : le virus à la trace (France Culture, La Méthode Scientifique, 18 mai 2020)

  • Pandémie de Covid-19 : moins de 6% des Français infectés, “on est loin d’une immunité collective” (France 24, 11 mai 2020)

  • Pandémie de COVID-19 : synthèse & perspectives (Conseil de la Faculté des Sciences de l’Université de Montpellier, 4 mai 2020)

  • Déconfinement en France : “Il faut prendre en compte le risque de rebond épidémique” (France 24, 28 avril 2020)

  • Enjeux et risques du déconfinement (Konbini News, 20 avril 2020)

  • Comment atteindre l’immunité de groupe ? (CNRS Le Journal, 9 avril 2020)

  • 6 questions sur le pic épidémique et la suite de l’épidémie (Brut, 3 avril 2020)

  • Coronavirus : un scientifique fustige le gouvernement (Le Média, 17 mars 2020)

  • Estimating parameters of the virus spread (Séminaire d’Écologie et d’Évolution, 27 mars 2020)

Dans la presse (sélection)

  • Covid-19 : « En levant sous conditions l’obligation du masque à l’école, on supprime une mesure qui marche » (Le Monde, le 23 septembre 2021)

  • Covid-19 : comment desserrer la pression en maintenant l’épidémie sous contrôle ? (France Bleu, le 21 septembre 2021)

  • Samuel Alizon : « “L’effet rentrée” changera la circulation du virus » (La Marseillaise, le 20 septembre 2021)

  • Variants Alpha, Delta, Mu… L’apparition récurrente de nouvelles souches du virus du Covid-19 est-elle inquiétante ? (franceinfo, le 15 septembre 2021)

  • Covid-19 : le vaccin ne suffit pas pour atteindre l’immunité collective (Midi-Libre, le 14 septembre 2021)

  • Cinquième vague, variant de Delta… les différents scénarios possibles selon un chercheur montpelliérain (Midi-Libre, le 14 septembre 2021)

  • Covid-19 : peut-on encore espérer atteindre l’immunité collective ? (LCI, le 8 septembre 2021)

  • Covid-19 : peut-on vraiment dire que le retour à la vie normale est proche ? (franceinfo, le 7 septembre 2021)

  • Près de 50 000 décès évités en France grâce au vaccin : comment cette étude inédite en arrive à ce chiffre ? (Midi Libre, le 1 septembre 2021)

  • Covid-19 : la vaccination aurait évité près de 50.000 décès en France (Sciences et Avenir, le 1 septembre 2021)

  • Covid-19 : «La vaccination aurait déjà permis d’éviter environ 50 000 morts en France» (Libération, le 31 août 2021)

  • Vaccin anti-Covid : près de 50.000 vies sauvées en France selon un travail de modélisation (Le quotidien du médecin, le 31 août 2021)

  • Covid. 47.400 décès évités grâce à la vaccination en France selon une étude de l’Université de Montpellier (France 3 Occitanie, le 31 août 2021)

  • 50.000 décès évités grâce à la vaccination en France ? (LCI, le 30 août 2021)

  • 47 400 morts du Covid-19 évités ? Ce que dit la première étude sur l’impact de la vaccination en France (Le Parisien, le 29 août 2021)

  • Covid-19 : le variant Delta brise le rêve de l’immunité collective (Sud Ouest, le 27 août 2021)

  • Covid-19, ce qu’il faut retenir cette semaine : les enjeux d’une nouvelle rentrée à risque (Le Figaro, le 26 août 2021)

  • Coronavirus : le vaccin, garant d’une rentrée scolaire apaisée ? (France Bleu, le 26 août 2021)

  • Coronavirus : Contagiosité, vaccin, effets… Pourquoi les enfants souffrent davantage du variant Delta (20 minutes, le 25 août 2021)

  • Covid-19 : vaccination des plus jeunes, quels enjeux avant la rentrée ? (Sud Ouest, le 24 août 2021)

  • Vaccination contre le Covid : le fossé se creuse (La Croix, le 23 août 2021)

  • Covid-19 : comment la 4e vague va-t-elle évoluer dans les semaines à venir ? (L’Express, le 16 août 2021)

  • Covid-19 : face au variant Delta, l’efficacité et les limites des vaccins à ARN (Le Monde, le 14 août 2021)

  • Face au variant Delta, la France n’a pas assez vacciné les plus fragiles (Médiapart, le 29 juillet 2021)

  • Séquençage du virus : pourquoi c’est important et pourquoi nous sommes nuls (Médiapart, le 25 juillet 2021)

  • Covid-19 : l’été reste notre allié, mais cela ne suffit pas (L’Express

  • Covid-19 : la 4e vague peut-elle être de la même ampleur à l’hôpital que les précédentes ? (Le Figaro, le 22 juillet 2021)

  • COVID-19: face au variant delta, les mesures locales prônées par Jean Castex sont-elles suffisantes ? (BFMTV, le 22 juillet 2021)

  • Covid-19 : la fin du port du masque dans les lieux soumis au pass sanitaire est-elle vraiment raisonnable ? (franceinfo, le 21 juillet 2021)

  • Les inconnues de la quatrième vague du Covid-19 (Le Figaro, le 21 juillet 2021)

  • Covid-19. Face au variant Delta, a-t-on déconfiné trop tôt ? (Ouest France, le 20 juillet 2021)

  • Covid : “Cette quatrième vague pourrait être la dernière” (La Gazette, le 17 juillet 2021)

  • Covid-19 : que sait-on du variant Delta (et des autres) ? (The Conversation, le 12 juillet 2021)

  • La vaccination des plus de 80 ans, talon d’Achille de la France (Le Monde, le 8 juillet 2021)

  • Covid-19 : Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon… l’émergence sans fin des variants(Réalités biomédicales, le 8 juillet 2021)

  • Covid-19: de 21 à 49 jours, comment estimer le délai entre 2 injections de vaccin ? (Challenges, le 3 juillet 2021)

  • Variant Delta : les quatre vaccins disponibles en France sont-ils efficaces ? (Le Parisien, le 3 juillet 2021)

  • Covid-19 : après Delta, doit-on craindre des variants encore plus dangereux ? (Le Parisien, le 3 juillet 2021)

  • Pourquoi l’immunité de la rentrée se joue au mois de juillet (Le Huffington Post, le 1 juillet 2021)

  • Covid-19 : pourra-t-on s’en débarasser un jour ? (epsiloon, juillet 2021)

  • Coronavirus: la menace du variant Delta plane, la situation peut-elle déraper en Suisse ? (Le nouvelliste, le 29 juin 2021)

  • Modélisation de la propagation des variants en France : de l’émergence au remplacement (CNRS INEE, le 29 juin 2021)

  • Ce que l’on sait de Delta, le variant du coronavirus qui préoccupe scientifiques et autorités (Le Monde, le 25 juin 2021)

  • Covid: le variant Delta est déjà là, pourquoi la France ne l’a pas vu plus tôt (Le Huffington Post, le 25 juin 2021)

  • Face au variant Delta, le tracing sera décisif (Médiapart, le 23 juin 2021)

  • Variant Delta : “cela appelle à coordonner le plus vite possible l’effort de vaccination”, selon un maître de conférences en épidémiologie (france infos, le 23 juin 2021)

  • Covid-19 : nouvelles données sur le variant Delta, dit « indien », en progression dans de nombreux pays (Réalités biomédicales, le 22 juin 2021)

  • Covid-19 : la France a-t-elle les moyens de freiner l’expansion du variant delta ? (Libération, le 21 juin 2021)

  • Peut-on vraiment affirmer que les vaccins contre le Covid-19 risquent d’entraîner l’apparition de nouveaux variants plus dangereux ? (franceinfo, le 20 juin 2021)

  • Le lourd coût humain d’un troisième confinement tardif en France (Le Monde, le 18 juin 2021)

  • Décroissance, impact des réouvertures : où en est l’épidémie de Covid-19 et à quoi s’attendre pour la rentrée ? (The Conversation, le 20 juin 2021)

  • «Juin et juillet seront calmes, mais attention, le virus circule toujours» (Libération, le 17 juin 2021)

  • Covid-19 : comment la France est-elle passée sous la barre des 5000 cas par jour ? (L’Express, le 12 juin 2021)

  • Le couvre-feu à 23 heures est-il encore utile ? (Le Figaro, le 8 juin 2021)

  • Covid-19 : sur le plan sanitaire, les femmes moins touchées que les hommes (Le Monde, le 5 juin 2021)

  • Covid-19 : la décrue de l’épidémie se poursuit, mais à un rythme moins soutenu (Le Monde, le 5 juin 2021)

  • Covid-19 : la drôle de guerre contre un variant indien qui garde encore quelques mystères (Le Monde, le 2 juin 2021)

  • La bioinformatique, une alliée de taille contre le Covid-19 (Le journal du CNRS, le 26 mai 2021)

  • Royaume-Uni : où en est la propagation du variant indien ? (Libération, le 26 mai 2021)

  • Covid-19 : un objectif de 5000 cas par jour maximum est-il toujours pertinent ? (L’Express, le 25 mai 2021)

  • Covid-19 : en terrasse, y a-t-il vraiment des risques de contamination ? (LCI, le 20 mai 2021)

  • Variant indien: la France risque-t-elle d’être rattrapée en plein déconfinement? (Le Huffington Post, le 18 mai 2021)

  • Pourra-t-on enlever son masque lorsqu’on sera vacciné ? (Le Figaro, le 15 mai 2021)

  • Covid-19 : pourquoi l’OMS craint que la deuxième année de la pandémie soit “plus mortelle que la première” (franceinfo, le 15 mai 2021)

  • Avec le déconfinement et les vaccins, va-t-on retrouver une vie normale en France ? (l’édition du soir, le 14 mai 2021)

  • Covid-19 : faut-il craindre «l’effet Ascension» sur les contaminations ? (Libération, le 12 mai 2021)

  • Covid-19 : la France a-t-elle trop de lits de réanimation ? (Le Monde, le 11 mai 2021)

  • “Il y a un potentiel de rebond” : le contrôle de l’épidémie reste fragile selon un épidémiologiste (La Montagne, le 7 mai 2021)

  • Covid-19 : une décrue franche, mais fragile, de la maladie en France (Le Monde, le 7 mai 2021)

  • Vaccin contre le Covid-19 : la France peut-elle atteindre l’immunité collective dans le courant de l’été ? (franceinfo, le 7 mai 2021)

  • Covid-19 : quelles sont les trois possibilités d’évolution de l’épidémie pour cet été en Occitanie ? (Midi Libre, le 7 mai 2021)

  • En France, l’avenir immédiat de l’épidémie dépendra des gestes barrières et du dépistage (The Conversation, le 6 mai 2021)

  • Covid-19. Voici pourquoi les indicateurs de l’épidémie seront difficiles à interpréter en mai (Ouest France, le 6 mai 2021)

  • Covid-19 : faut-il tirer un trait sur l’immunité collective ? (Le Parisien, le 5 mai 2021)

  • Chasse aux variants: pourquoi la France est toujours à la traîne (Huffington Post, le 4 mai 2021)

  • Beaucoup d’efforts aux mauvais moments : la stratégie gouvernementale à la loupe (Libération, le 4 mai 2021)

  • Covid : le variant anglais est plus meurtrier, mais reste à comprendre pourquoi (L’Opinion, le 3 mai 2021)

  • Déconfinement : “La circulation du coronavirus est très élevée mais il sera très difficile de demander encore des efforts aux Français”, estime un chercheur (franceinfo, le 29 avril 2021)

  • «Freins d’urgence sanitaires» : un déconfinement, mais sous surveillance (Le Figaro, le 29 avril 2021)

  • Covid-19: quel impact aura le déconfinement? Ce qu’en disent les modèles (Huffington Post, le 29 avril 2021)

  • Réouvertures mi-mai : les mises en garde de l’Institut Pasteur (Le Parisien, le 28 avril 2021)

  • Déconfinement : Mircea Sofonea épidémiologiste à Montpellier “on va rester à 5 ou 6000 patients Covid des semaines” (France 3 Occitanie, le 27 avril 2021)

  • Un déconfinement à l’aveugle ? « Il n’y a pas de chiffre annoncé car on sait qu’ils ne seront pas tenus » (L’Obs, le 22 avril 2021)

  • Covid-19 : pour le biologiste Samuel Alizon, “les variants ouvrent un nouveau champ des possibles pour le virus” (franceinfo, le 22 avril 2021)

  • Covid-19 : peut-on alléger les restrictions tout en reprenant le contrôle de l’épidémie ? (Le Monde, le 21 avril 2021)

  • Covid-19: pourquoi la décrue de l’épidémie s’annonce plus lente qu’au printemps dernier (Le Figaro, le 20 avril 2021)

  • Ce que l’on sait du variant indien après le confinement à New Delhi (Huffington Post, le 19 avril 2021)

  • Covid-19 : “La volonté politique de contrôler l’épidémie n’est pas claire” (franceinfo, le 18 avril 2021)

  • Casser la propagation du COVID : quelle est la stratégie optimale ? (IRD, le 15 avril 2021)

  • Covid-19 : pourquoi les variants changent la donne (Usbek & Rica, le 15 avril 2021)

  • Les arrangements des politiques avec les modélisations du Covid-19 (Slate, le 13 avril 2021)

  • COVID-19: en cas de variants, l’Europe pourra-t-elle produire rapidement de nouveaux vaccins ? (BFM Buisness, le 13 avril 2021)

  • Covid-19 : ce retour de boomerang qui nous menace si nous n’aidons pas à vacciner… le monde entier (Atlantico, le 11 avril 2021)

  • Mathématiques & COVID-19 : témoignage de Mircea T. Sofonea (Société Française de Mathématiques, le 9 avril 2021)

  • Nouveaux variants de la covid-19 : « Plus on laisse circuler l’épidémie, plus on s’expose à l’inconnu » (Le Télégramme, le 7 avril 2021)

  • Covid-19 : pourquoi la mortalité explose-t-elle au Brésil ? (Le Parisien, le 4 avril 2021)

  • Le calendrier de sortie de crise est-il réaliste : les doutes d’un épidémiologiste montpelliérain (Le Midi Libre, le 4 avril 2021)

  • Covid-19 : « À l’automne, on peut espérer revivre plus normalement » (Dis Leur, le 2 avril 2021)

  • Covid-19 : ces trois mois où la France a été prise de vitesse par les variants (L’Express, le 2 avril 2021)

  • Covid-19 : qui va gagner la bataille des variants ? (Le Monde, le 31 mars 2021)

  • L’épidémie de Covid dévore à nouveau la France (Les Echos, le 31 mars 2021)

  • «Breton», «alsacien», «Henri-Mondor»… pourquoi la découverte de variants n’est pas forcément inquiétante (Le Parisien, le 31 mars 2021)

  • Que sait-on du rôle des écoles dans l’épidémie de Covid-19 ? Cinq experts répondent (The Conversation, le 31 mars 2021)

  • Variant britannique du Covid : ce qu’on sait aujourd’hui (L’Humanité, le 29 mars 2021)

  • Modèles épidémiologiques : les scientifiques renvoient Macron dans les cordes (Libération, le 26 mars 2021)

  • Covid-19 : ces variants qui ont changé la donne (CNRS Le Journal, le 25 mars 2021)

  • Covid-19: le Rhône, la Nièvre et l’Aube confinés pour quatre semaines (Le Figaro, le 25 mars 2021)

  • Mircea Sofonea : “Il va falloir prolonger les mesures au-delà de quatre semaines” (L’Express, le 25 mars 2021)

  • Cet été, à l’automne, plus tard… quand sortira-t-on de la crise sanitaire ? (L’Express, le 24 mars 2021)

  • Variant breton du covid : pourquoi est-il plus difficile à détecter avec les PCR classiques ? (Marianne, le 22 mars 2021)

  • Conversation avec Mircea Sofonea : « Aujourd’hui la propagation du virus est exponentielle » (The Conversation, le 19 mars 2021)

  • Vague de Covid-19 en mars : les épidémiologistes avaient-ils vu juste ? (Le Parisien, le 19 mars 2021)

  • Chaque jour qui passe est-il vraiment un jour de gagné sur le confinement ? (L’Obs, le 18 mars 2021)

  • Un an de Covid-19 : les modélisations des scientifiques ne se sont quasiment jamais trompées (Libération, le 17 mars 2021)

  • Covid-19: un confinement trop tôt ou trop tard, quel est le pire ? (Huffington Post, le 17 mars 2021)

  • Covid-19 : cinq questions sur le variant breton (Le Figaro, le 16 mars 2021)

  • Que prévoient les modèles pour “le retour à une vie plus normale” espéré mi-avril ? (L’Express, le 6 mars 2021)

  • Darwinisme : la féroce guerre de l’évolution entre les humains et le Covid-19 (Atlantico, le 6 mars 2021)

  • Retour à la vie normale “dès la mi-avril” : l’exécutif a-t-il parlé trop vite ? (Marianne, le 3 mars 2021)

  • Pourquoi d’inquiétants variants du SARS-CoV-2 se multiplient-ils depuis septembre ? (L’Express, le 1 mars 2021)

  • Un vaccin universel contre le Covid et tous les variants est-il possible ? (L’Express, le 26 février 2021)

  • Covid-19. Le confinement local peut-il suffire pour enrayer la flambée du virus ? (Ouest France, le 22 février 2021)

  • Covid-19 : des variants qui progressent à plus de 40%, l’isolement des personnes positives porté à 10 jours (Le Quotidien du Médecin, le 19 février 2021)

  • Covid-19 : la France très en retard dans le séquençage du virus (Sciences & Avenir, le 19 février 2021)

  • Mircea Sofonea : « La modélisation est une forme d’analyse quantitative de données comme une autre, non une pratique divinatoire » (Newsletter de l’UM, le 16 février 2021)

  • Conversation avec Samuel Alizon : « Variants du SARS-CoV-2 : « Concernant l’utilisation du séquençage en santé publique, la France a du retard » (The Conversation, le 15 février 2021)

  • Variants du SARS-CoV-2 : pourquoi il faut impérativement les contenir (Le Monde, le 12 février 2021)

  • Covid-19. Stable, en hausse, en baisse ? Cet outil estime l’évolution à venir de l’épidémie (Ouest France, le 4 février 2021)

  • Virus du Covid : l’humanité est son écosystème (Reporterre, le 3 février 2021)

  • Un modèle de l’épidémie de Covid-19 mis en ligne par des chercheurs français (Libération, le 2 février 2021)

  • Conversation avec Samuel Alizon : « Depuis l’été, notre pays court après l’épidémie au lieu d’anticiper » (The Conversation, le 2 février 2021)

  • Covid-19 : plus les mesures de lutte contre l’épidémie sont prises tôt, plus elles sont efficaces (Le Monde, le 27 janvier 2021)

  • Un reconfinement contre le COVID-19, oui mais pour combien de temps ? (Huffington Post, le 26 janvier 2021)

  • COVID-19 : décrypter pour endiguer (IRD, le 25 janvier 2021)

  • Variant britannique du coronavirus : “Il faut s’imaginer deux épidémies à combattre en parallèle” (Sciences et Avenir, le 22 janvier 2021)

  • Covid : « La France est dans un entre-deux qui n’est pas la meilleure solution sur le temps long » (Midi-Libre, le 21 janvier 2021)

  • Couvre-feu généralisé à 18 h : “Cela risque de ne pas suffire” pour cet épidémiologiste montpelliérain (Midi-Libre, le 15 janvier 2021)

  • Covid-19 : pourquoi il faut absolument éviter que le variant anglais ne devienne majoritaire (The Conversation, le 14 janvier 2021)

  • Cinq questions sur le nouveau variant britannique (Québec Science, le 12 janvier 2021)

  • Covid-19 : pourquoi le séquençage du virus peut nous permettre de mieux maîtriser l’épidémie (L’Express, le 12 janvier 2021)

  • Covid : pourquoi le pire de la pandémie pourrait bien être encore devant nous (Atlantico.fr, le 9 janvier 2021)

  • Covid-19: pourquoi le variant anglais risque de rendre l’épidémie incontrôlable en France (Le Figaro, le 7 janvier 2021)

  • Covid-19 : ces modélisateurs qui anticipent la pandémie (Le Monde, le 5 janvier 2021)

  • À quoi ressemblera l’épidémie de Covid-19 en 2021 en France ? (Le Huffington Post, le 2 janvier 2022)

  • Le vaccin contre le Covid-19 va-t-il nous sauver rapidement de l’épidémie ? (Le Monde, le 27 décembre 2020)

  • “L’épidémie de Covid-19 n’est plus sous contrôle” (L’Est Républicain, le 24 décembre 2020)

  • Mutation du coronavirus en Angleterre: ce que la science dit de la souche britannique (Le Huffington Post, le 21 décembre 2020)

  • Évolution préoccupante de l’épidémie avant les festivités de fin d’année (Le Figaro, le 18 décembre 2020)

  • Epidémiologie de terrain, séquençage du virus… Les manques de la recherche française face au Covid-19 (Libération, le 16 décembre 2020)

  • Covid-19 : le couvre-feu a-t-il prouvé son efficacité ? (La Dépèche, le 15 décembre 2020)

  • Origines du coronavirus : en France, naturelle, artificielle ? (Le Journal des Femmes, le 2 décembre 2020)

  • Radiographie du coronavirus : peut-on empêcher une troisième vague ? (France Culture, le 27 novembre 2020)

  • Covid : Noël se joue dès le début du “déconfinement” progressif ce samedi, selon l’épidémiologiste Mircea Sofonea (France3 Occitanie, le 27 novembre 2020)

  • Covid : “Tous les ingrédients sont là pour une troisième vague”, selon l’épidémiologiste de Montpellier Mircea Sofonea (France3 Occitanie, le 24 novembre 2020)

  • Vaccin anti-Covid : « Nous n’aurons pas les millions de doses nécessaires avant l’automne 2021 » (Libération, le 20 novembre 2020)

  • Les quatre semaines de confinement “ne suffiront pas” à endiguer la deuxième vague du Covid-19, alerte un épidémiologiste (franceinfo, le 2 novembre 2020)

  • Covid-19 : les écoles restent ouvertes mais surtout à surveiller (Libération, le 30 octobre 2020)

  • Vers un reconfinement total : l’avis de trois experts montpelliérains pour endiguer l’épidémie (Le Midi Libre, le 28 octobre 2020)

  • Écoles fermées, télétravail, couvre-feu: quelle efficacité contre l’épidémie ? (Le Figaro, le 27 octobre 2020)

  • Covid-19 : la délicate estimation du nombre réel de nouveaux cas (Le Parisien, le 27 octobre 2020)

  • Coronavirus : un confinement le week-end, une solution efficace face à la deuxième vague ? (La Dépèche, le 26 octobre 2020)

  • “Le confinement est la meilleure arme contre l’épidémie” (L’Express, le 26 octobre 2020)

  • Couvre-feu : « C’était la dernière semaine pour réagir » (Le Monde, le 15 octobre 2020)

  • Covid-19: la marée monte, les hôpitaux se remplissent (Le Figaro, le 13 octobre 2020)

  • Covid-19: hausse exponentielle des hospitalisations (Le Figaro, le 25 septembre 2020)

  • Risque d’une deuxième vague de Covid-19? Le diagnostic en courbes (Huffington Post, le 23 septembre 2020)

  • Covid-19 : vers une saturation des réanimations ? (Sciences et Avenir, le 18 septembre 2020)

  • Covid-19 : quel était le nombre de contaminations par jour en France lors du pic de la première vague ? (Libération, le 14 septembre 2020)

  • Covid-19 : “Un rebond qui peut se transformer en seconde vague”, affirme Mircea Sofonea (Midi Libre, le 12 septembre 2020)

  • Après le calme de l’été, le virus fait sa rentrée (Libération, le 11 septembre 2020)

  • Le Covid-19 poursuit sa progression en France, le nombre d’hospitalisations en hausse modérée (Le Monde, le 4 septembre 2020)

  • Covid-19 : pourquoi tant de contaminations et si peu de morts ? (Le Monde, le 26 août 2020)

  • Coronavirus : Cas en hausse, décès en baisse… Le virus serait-il moins virulent qu’auparavant ? (20 Minutes, le 24 août 2020)

  • Beaten back, the coronavirus regains strength in France (The New York Times, le 17 août 2020)

  • Comment les jeunes accélèrent la transmission du Covid-19 (Le Figaro, le 12 août 2020)

  • Covid-19 : allons-nous vers une croissance exponentielle pour l’épidémie de coronavirus ? (Sciences et Avenir, le 7 août 2020)

  • Reprise épidémique, ces indicateurs qui inquiètent (Le Parisien, le 25 juillet 2020)

  • Réunions de famille et rassemblements, la grande crainte des autorités sanitaires (Le Parisien, le 23 juillet 2020)

  • Coronavirus: un rebond de l’épidémie est-il inévitable ? (Le Figaro, le 20 juillet 2020)

  • Coronavirus : comment éviter d’être submergés par une deuxième vague (Marianne, le 16 juillet 2020)

  • En France, le monde de la recherche déplore une “réforme déconnectée de la réalité” (France 24, le 13 juillet 2020)

  • Données épidémiologiques : la pénurie cachée (Médiapart, le 11 juillet 2020)

  • Deuxième vague du coronavirus : “Il ne faut pas s’attendre à un mur de contaminations” (L’Express, le 10 juillet 2020)

  • Covid-19 : un nouveau modèle estime les dates de début et fin de l’épidémie en France (Sciences et Avenir, le 9 juin 2020)

  • Comment l’épidémie due au coronavirus peut-elle disparaître, ou survivre ? (Le Monde, le 9 juin 2020)

  • Coronavirus : pourquoi aucun cluster n’a été détecté dans les transports (Le Parisien, le 5 juin 2020)

  • Pourquoi le nombre de morts est désormais si bas en Europe (Le Parisien, le 2 juin 2020)

  • StopCovid : cinq questions pour mieux comprendre l’application (Le Parisien, le 2 juin 2020)

  • Les scientifiques divisés sur la question de la deuxième vague (La Croix, le 1er juin 2020)

  • Ces indicateurs à suivre de près pour la phase 2 du déconfinement (Sciences & Avenir, le 29 mai 2020)

  • Un retour à la vie normale pas à pas (Le Figaro, le 26 mai 2020)

  • Épidémiologiste, infectiologue, virologue… tous experts, mais de quoi ? (Le Parisien, le 24 mai 2020)

  • Ces départements plus verts que verts (Le Parisien, le 20 mai 2020)

  • Quels sont maintenant les scénarios possible? (Le Figaro, le 19 mai 2020)

  • En Italie, un déconfinement un peu trop rapide ? (Le Parisien, le 17 mai 2020)

  • Les modèles sont utiles… quand ils sont considérés avec leurs incertitudes (L’Opinion, le 12 mai 2020)

  • Quand pourra-t-on juger de la réussite ou de l’échec du déconfinement ? (Le Parisien, le 14 mai 2020)

  • Pourra-t-on refaire tout ce que nous faisions du jour au lendemain ? Libération, le 5 mai 2020)

  • Covid-19 et déconfinement : d’où vient le seuil de 3000 infections par jour ? Science & Avenir, le 1er mai 2020)

  • Le «R zéro», nombre de reproduction, indicateur clé… mais volatile (Le Parisien, le 30 avril 2020)

  • Tous dehors ou pas ? Le casse-tête du gouvernement La Gazette, le 27 avril 2020)

  • Comment a été conçu le classement des 40 meilleurs pays face au Covid… où la France n’apparaît pas ? (Libération, le 24 avril 2020)

  • La piste du stop-and-go pour mettre progressivement fin au confinement (Le Parisien le 22 avril 2020)

  • Pourquoi le Sras de 2003, aussi contagieux que le Covid-19, n’a-t-il pas fait le tour de la planète ? (Libération, le 20 avril 2020)

  • La phylodynamique, l’autre traque du coronavirus (Le Monde, 20 avril 2020)

  • «Aux alentours du 11 mai, l’épidémie sera toujours là» (Libération, 19 avril 2020)

  • Les croisières et le coronavirus, un mélange dangereux, mais à quel point ? (Ouest France, via AFP, 15 avril 2020)

  • Coronavirus : l’immunité collective, une incertitude qui pèse sur le déconfinement (La Croix, 13 avril 2020)

  • Moins de 5 cas graves ou 0 mort, ces «zones blanches» de l’épidémie en France Le Parisien, le 10 avril 2020)

  • Discussions scientifiques autour de la transmission du Covid-19 (Libération, 9 avril 2020)

  • Déconfinement : les doutes des scientifiques sur le traçage numérique (Le Parisien)

  • Coronavirus : pourquoi la fin du confinement ne sonne pas la fin de l’épidémie (Le Monde, 8 avril 2020)

  • Confinement : comment en sortir ? (Science & vie, 8 avril 2020)

  • Covid-19 : la traque génomique du virus sur Nextstrain (Sciences & Avenir, 7 avril 2020)

  • Coronavirus : les départements «épargnés» le resteront-ils ? (Le Parisien, 6 avril 2020)

  • Le confinement ne fera pas disparaître l’épidémie (Médiapart, 5 avril 2020)

  • La fin du confinement scrutée par un épidémiologiste (Libération, 3 avril 2020)

  • Comment l’épidémiologie tente de cerner l’épidémie due au nouveau coronavirus (Le Monde, 30 mars 2020)

  • Coronavirus : Qu’est-ce que l’« immunité collective » et pourquoi c’est un pari très risqué ? (20 Minutes, 24 mars 2020)

  • Coronavirus: le pari risqué de la stratégie d’immunité de groupe (L’Opinion, 23 mars 2020)

  • COVID-19 : comment sont conçus les modèles des épidémies ? (CNRS le Journal, 20 mars 2020)

  • L’immunité collective peut-elle avoir raison de l’épidémie ? (Philosophie Magazine, 20 mars 2020)

  • Coronavirus : la France choisit une riposte à l’italienne (La Croix, 15 mars 2020)

  • COVID-19: les prévisions d’un expert en modélisation (Québec Sciences, 13 mars 2020)

  • Pour stopper le coronavirus, il faut diviser par quatre nos interactions sociales (Le Figaro, 12 mars 2020)

Liens

Visualisation

Modélisation

Données

Phylodynamique

  • La plateforme Nextstrain : des analyses de phylogénies presque en temps réel.

  • Analyses et discussions de phylodynamique.

\(\mathcal{R}(t)\)

Cette carte représente \(\mathcal{R}(t)\), le nombre de reproduction de l’épidémie de COVID-19 aux alentours du 28 oct. 2021 dans des régions françaises à partir des données d’hospitalisations de Santé publique France en date du 09 nov. 2021. La méthode est identique à notre application en ligne Rt.

Attention, cette carte n’est qu’une tendance de l’épidémie. On peut donc avoir une situation critique avec énormément d’hospitalisations tout en ayant une épidémie en décroîssance. À l’inverse, on peut avoir une épidémie en croissance mais avec un nombre très limité d’hospitalisations. Pour voir l’état actuel de l’épidémie, on peut se référer à la carte officielle.

Le code couleur utilisé pour les estimations de \(\mathcal{R}(t)\) est le suivant :

  • : la borne inférieure de l’intervalle de crédibilité à 95 % est au dessus de 1 (l’épidémie était en croissance vers le 28 oct. 2021) ;
  • : \(\mathcal{R}(t) > 1\) mais la borne inférieure de l’intervalle de crédibilité ne l’est pas (l’épidémie semblait en croissance mais on ne peut en être sûr à 95 %) ;
  • : \(\mathcal{R}(t) < 1\), mais la borne supérieure de l’intervalle de crédibilité ne l’est pas (l’épidémie semblait en décroissance mais on ne peut en être sûr à 95 %) ;
  • : la borne supérieure de l’intervalle de crédibilité à 95 % est inférieure 1 (l’épidémie était en décroissance) ;
  • hachures : pas d’estimation de \(\mathcal{R}(t)\) disponible (souvent car trop peu de cas).

Quelques détails

Comme expliqué en détail dans la notice de notre application Rt, l’évolution de la dynamique d’une épidémie peut être décrite grâce au nombre de reproduction effectif, noté \(\mathcal{R}(t)\). Ce nombre correspond au nombre moyen de nouvelles infections engendrées par chaque individu contagieux au cours de son infection.

Tant que \(\mathcal{R}(t)\) est supérieur à 1, l’épidémie perdure car chaque infection en engendre plus d’une nouvelle. Les politiques de santé publique (gestes barrières, distanciation sociale, confinement, porte du masque) ont pour enjeu de ramener \(\mathcal{R}(t)\) sous le seuil de 1 et donc de faire décroître l’épidémie. L’immunisation de la population (par infections naturelles ou par vaccinations) fait aussi diminuer \(\mathcal{R}(t)\).

Cependant, un \(\mathcal{R}(t)\) à une échelle nationale ne prend pas en compte l’hétérogénéité géographique. C’est pour cela que nous avons réalisé cette représentation à une échelle départementale.

Des précisons quant aux hypothèses et à la méthode utilisée (EpiEstim) ainsi que des estimations précises des valeurs de \(\mathcal{R}(t)\) sont disponibles sur notre application de calcul.

Le fond de carte utilisé a été mis à disposition par OpenStreetMap sous licence ODbL.

Soutiens

Depuis le 30 avril, nous avons le soutien de la région Occitanie dans le cadre de son appel « Urgence Recherche Covid-19 ». Celle-ci a convaincu l’Agence Nationale de la Recherche de financer pour moitié notre projet PHYEPI qui était sur liste complémentaire.

Pour les titulaires, nos institutions (CNRS, IRD, Université de Montpellier) nous font encore confiance pour choisir nos sujets de recherche et nous fournissent un minimum de soutien de base. En revanche, pour les précaires, ce travail ce fait au détriment d’autres projets financés ou en plus de leurs sujets de thèse ou de stage. Sans ces autres projets, ce travail n’aurait pas pu être réalisé (en tout cas pas à cette échelle).

Nous sommes aussi reconnaissants à la plateforme South Green, qui nous donne accès au calculateur à haute performance itrop de l’IRD de Montpellier (plus de détails sur bioinfo.ird.fr).

Enfin, ce travail a aussi été permis par la mise à disposition des données liées à l’épidémie par Santé Publique France et à l’initiative GISAID - Global Initiative on Sharing All Influenza Data et aux laboratoires français et internationaux pour le partage des séquences génomiques virales.